cargar datos de un array en un campo <select>

[webness]

Pues bien, supongo que en la linea echo $archivo."<br>"; es el eequivalente a cada uno de los ficheros que quieres mostrar en el <select>

1) si estas haciendo esto en un fichero distinto a donde esta el select, entonces debes de crear un array en vez de un echo, es decir: fuera del ciclo haces $i=0; y en lugar de la impresion haces $arreglo[$i]=$archivo; $i++; y al final del script siendo este una funcion retornas el arreglo return $arreglo;

es decir:
<?php
function getFicheros()
{
$dir = "../../../BD/MENU/";
if (is_dir($dir)) {
if ($gd = opendir($dir)) {
$i=0;
while (($archivo = readdir($gd)) !== false) {
if($archivo=='.' or $archivo=='..')
{
}else{
$arreglo[$i]=$archivo;
$i++;
}
}
closedir($gd);
}
}
retun $arreglo;
}
?>

ahora en el fichero php donde haces el select seria algo como:

<select>
<?php
$ficheros=getFicheros();
for($i=0;$i<count(ficheros);$i++)
echo "<option>".$ficheros[$i]."</option>";
?>
</select>

y ya.

2) si todo lo estas haciendo en el mismo script te recomiendo la primera forma.