Hola, al final me han dado la solución en otro lugar; la pongo aquí por si le puede ser útil a alguien.
El truco está en que siendo circulo_mc la instancia de un símbolo de tipo botón, podemos añadirle un id y luego capturar el target en la función.
Código:
var valor:int = 1;
var circulo_mc;
function MiFuncion(e:MouseEvent){
trace(e.target.id);
}
for(var i:int = 0; i < 5; i++){
circulo_mc = new circulo();
addChild(circulo_mc);
circulo_mc.x = i*100;
////id////
circulo_mc.id=i;
//////////
circulo_mc.addEventListener(MouseEvent.CLICK, MiFuncion);
}