Todos tus comentarios los encierras en un <div> cierto? Un <div> que tiene como clase 'lineaPuntos'. Esa clase CSS está definida para tener un borde inferior, punteado, de color negro y 1 px de ancho. Es lógico que el "separador" del que hablas se muestre sólo al final, porque justamente ése es el final de tu <div>. Lo que debes hacer, como te menciona
pateketetrueke, es incluir de alguna forma un separador en cada ciclo del while. Para que así este separador se repita luego de cada resultado.