Zeudio:
El certificado es talvez la parte mas sencilla de todo este proceso.
Si utilizas el Apache, debes activar el modulo openssl y configurar los virtual hosts de tu servidor para permitir conexiones seguras; esta ultima parte es un tanto complicada.
Mi recomendacion es que para tratar temas de pago por medio de tarjetas de credito y conexiones seguras busques ayuda externa.
Saludos
Franco