Y si le colocas a cada input un id distinto es decir si los haces en un ciclo no seria dificil que te quedaran:
Código:
<input name="cantidad[]" id="cantidad0"...
<input name="cantidad[]" id="cantidad1"...
.
.
<input name="cantidad[]" id="cantidadn"...
y en el onload colocas document.getElementById('cantidad0').focus();
si eso no te agrada determina que numero de elemento en el formulario es, por lo general el primero siempre seria el mismo y has algo asi:
document.getElementById('form').elements[2].focus();
Me parace que seria mejor la primera ya que de esa manera es mas facil identificar de manera individual cada uno y podria servirte mas adelante.