segun recuerdo, en las opciones de publicacion en la pestaña de html, hay una opcionde 'Modo de ventana' alli elige 'Opaco sin ventanas', de esa forma el codigo html (el de los tags object) generado permite al flash evitar ese poblema. En el html q te genera, entra, saca ese codigo y usalo en tu web.
<param name="wmode" value="opaque" />
y
wmode="opaque"
son las lineas de codigo q se agregan en el tag object. revisalo.
saludos