Al parecer, estas creando páginas web de la forma "incorrecta".
Hace ya varios años, se creó CSS para que HTML mandara solo la información, y CSS se encargara del diseño. Así, si quieres ponerle color a tu página, estilo a tus fuentes, espacios predeterminados a tus divisores etc, usas CSS.
De esta forma tu información de despliega de la forma más correcta y en la mayor parte de los casos, con una velocidad mayor.
¿Se aplica a PHP? Bueno, tomando en cuenta que HTML se diseña con CSS, y PHP genera HTML, tienes que aplicar CSS a tu resultado final.
Espero esta explicación te ayude. Suerte
