primero.... el campo de la BD no debe ser
INT ya que eso provoca que no permita ceros a la izquierda, debe ser un
VARCHAR
segundo... intenta usar
str_pad() para agregarle los ceros a la izquierda, como si fuera una cadena...
Referencia:
http://php.net/str_pad
y pon mucha atención, cuando insertes/actualices este dato... hazlo tratándolo como string, osea... usando comillas
Código:
INSERT ... VALUES('000123')
... SET foo = '00123'