encontre una solucion para mootools pero solo ejecuta el javascript que se encuentre en la pagina
  
Código:
 function link(dato){
    new Request.HTML({
        evalScripts: false,
     url:dato,
     
     	onRequest: function() { 
		 	$('contenido').set('text', 'C A R G A N D O ')},
        onSuccess: function(html, elements, tree, javascript) {
            $('contenido').set('text', '');
            $('contenido').adopt(html);
            if (javascript) $exec(javascript);
        },
        onFailure: function() { $('contenido').set('text', 'fallo.'); }
        
    }).send();
}
  si alguien sabe alguan forma de ejecutar el js que se encuentre linkeado en la pagina seria de gran ayuda