Personalmente, es un tema por demás delicado y que requiere una análisis exhaustivo de la situación. Desde los scripts hasta una revisión general del servidor.
Realmente lamento decirte que este contexto de un foro me supera ampliamente para poder ayudarte, ya que hay limitaciones desde lo técnico hasta lo privado de la información de tu equipo que necesitaría conocer como para empezar a dilucidar el tema.
Te recomendaría contratar ayuda externa, sea de tu propio proveedor o de algún otro que preste este tipo de servicios.
Desde ya no dejes de contar como va.
Saludos!