Hola emiliodeg,
Lo que puedes hacer es guardar en un archivo que el proceso se esta ejecutando, entonces al lanzar el segundo proceso checas si esta corriendo el anterior y si lo esta abortas la ejecucion asi puede implementar la cola.
Otra opcion si te es tan critico es tener corriendo un PHP directamente desde el shell de tu sistema operativo, este PHP al estar corriendo continuamente evitara que se hagan dobles procesos.
Saludos
