Hola
Flashtkd ! 
Primero date una vuelta a los
faqs.
Lo que te puedo decir es que Flex esta orientado al desarrollo rápido de aplicaciones de Internet, Flash es una herramienta que la puedes usar para hacer animaciones, algún interactivo o alguna aplicación como en Flex, pero aquí la gran diferencia en cuanto al desarrollo, es que Flex cuenta con bastantes componentes que ayudarán a realizarlo el doble de rápido que si lo hubieras diseñado en Flash.
También esto que menciono es muy dependiente de los requerimientos, podría ser que el proyecto se adapte mejor en Flash, es cuestión de que analices que herramienta es la ideal.
Hay más ventajas como la creación de componentes, que es una tarea muy sencilla.
Te dejo una liga donde podrás ver muchas aplicaciones hechas en este fabuloso framework:
http://flex.org/showcase/ Un saludote ! 