si usas Outlook o Outlook Express la única opción para que cada cuenta tenga su propia bandeja de entrada es crear tantas carpetas como cuentas tengas y usar filtros.
en todo caso podrías probar con el Mozilla Thunderbird (
http://www.mozilla-europe.org/es/products/thunderbird/) que si tiene la opción de manejar bandejas (entrada, enviados, papelera, etc) independientes para cada cuenta.