mmmm....
puedes poner los sql de las notas justo después de inserción del alumno en registro.php usando la función mysql_insert_id() para obtener el id del alumno
o también para no complicarte con Php podrías usar
triggers en tu tabla de alumnos asi cada vez que se inserte un registro en la tabla de alumnos se cargue automáticamente las notas en 0...
Saludos....
