Array multidimensional

[ceSharp]

Me toca! :)
Según las lineas de código que has dejado, en la cuarta asignas un nuevo valor a lista1, es decir:
var lista1 = new Array();
var lista2 = new Array();

lista1[0] = "01"; //en este momento lista1[0] es "01"
lista1[1] = "02";
lista2[0] = lista1;

lista1[0] = "a"; //le acabas de asignar un nuevo valor; ahora es "a"
...

Por eso document.writer(lista2[0][0]); es igual a "a"

salu2