Problemas restaurando backup bd en cPanel

[lure]

Hola.
Aquí esta pasando algo "extraño", me explico:
Volvi a generar backup de la bd con la herramienta respaldo de cPanel, abri el archivo generado y observo que, el final del archivo, no es como los demás, es como si se hubiese "cortado", faltan cadenas.
Vuelvo a generar el backup inmediatamente, el tamaño del archivo me varia en 4 megas (mucha diferencia), vuelvo a generarlo, ahora me varia en 2 megas.
Lo abro y ahora el final, si es correcto.
Bien, busco la cadena "character_set_client = @saved_cs_client" que es la que me produce el error, sorpresa mia, me indica que no existe en el archivo.
Asi pues, lo subo de nuevo al servidor e inicio la restauracion (hablo siempre del soft mencionado en este hilo), vuelve a darme el mismo error, en ese SET.

Asi pues, llego a la conclusión de 2 cosas:
Si quiero usar este soft, debo modificarlo para que de una pasada, restaure todas las tablas.
Pero lo que mas me preocupa: Al generar el backup, el archivo siempre me varia de tamaño (y de varios megas) llegando incluso a que, en una ocasion, parece "cortado", el final no es el que deberia ser.

Asi pues, a parte de lo comentado en este hilo para restaurar backup, alguna utilidad para generarlo, con garantias, a parte de la de cPanel?

Respecto a lo que me comentas, EmiSaez, no he llegado a ponerme en contacto con el hosting, pues en las caracteristicas del plan contratado, indica que si tengo OpenSSH Protocol (using Jailed Shell) (literalmente especifican eso), aunque para ello, tengo que hacerles petición para que me lo habiliten.

Muchisimas gracias y un saludo!