Hola Amigos!
encontre la forma más sencilla de resolver el problema, que es eliminar el archivo cuando el programa finalice, eso incluye cuando el usuario reinicia la máquina.
les dejo el código.
Código:
import java.io.File;
public class MiClase {
public static void main(String[] a) {
File file = new File("miarchivo");
file.deleteOnExit();
}
}