Hola JuanRAPerez,
Viendo el Source de Greybox, lo que hace es adjuntar un "onload" al evento window, llama a la funcion decoGreyboxLinks() que cicla por todo el DOM los elementos <a> y busca el atributo rel="".
Lo que tendrias que hacer es copiar todos los .js, en el directorio padre (el que no es cargado por AJAX), y al evaluar los scripts, volver a llamar a decoGreyboxLinks(), para que salgan los enlaces que cargues por AJAX.
Saludos
