Puede ser que al cambiar el register_globals a On, estes sobreescribiendo alguna variable con la que te autentificas a SQL, revisa que tus variables no se sobreescriban con las que vienen desde $_GET, $_POST, $_COOKIE, $_SESSION.
Saludos.
PD Recuerda que en PHP6, ya no va a existir esa directiva, por lo que es recomendable que trabajes con Register Globals en Off.