Hola
Armageddon5, bienvenido al foro.
Hay varias opciones, y no precisamente con tablas. Una (tradicional) es usar frames, así, los links están apuntando al frame y no a toda la página. Otra es, como dices, usar includes para manetener un header y footer constantes y variar sólo una parte de la página dependiendo de la sección. Para este caso, las páginas deben de incluir los archivos de cabecera y pie de página, los cuales serán constantes, y además el archivo que tiene o muestra el contenido específico. En las FAQ's hay una explicación sencilla sobre webs modulares,
Y una última forma es usar AJAX, lo que te permite cargar el contenido en un div o celda de tabla sin tener que recargar toda la página (Como los frames). Investiga un poco.