Mario_donati,
Si tú le dices a My.ini que por defecto usas utf-8, usará por defecto esa codificación o charset, pero si le indicas, aunque por defecto tengas utf-8, que quieres latin1, tendrás latin1.
Sobre la collation o cotejamiento, mira este enlace:
http://en.wikipedia.org/wiki/Collation
Su función es fundamentalmente ordenar y comparar datos, pero el charset no cambia, únicamente el algoritmo de comparación y ordenación de esos caracteres. Los caracteres seguirán siendo los mismos.
Lo que usa el servidor para recibir y devolver información es el charset. Aunque cuando tiene que ordenar y comparar datos, se sirve del cotejamiento o collation que hayas elegido. Por otra parte, utf-8 es una especie de pack parcial de un charset más amplio que sería UNICODE. Latin1, que equivale a ISO-8859-1 y que windows llama ANSI es el alfabeto latino y es una ampliación del código ASCII. Hoy en día tendemos a usar
el estándar ISO 10646 (Unicode), del cual utf-8 es una parte. Echa un vistazo a los artículos de wikipedia en la versión inglesa, que están bien. El problema es el número de bytes que se usan para guardar los distintos tipos: no es igual é en latin1 que é en utf8. De ahí los signos raros, pues algo codificado en utf-8 mostrará varios caracteres más en latin1. Pero, como te digo, ambos pueden usarse.