Pero es lógico. Mira lo que ocurre con tu include: se convierte en código interpretado en el navegador, que es lo que el servidor con PHP le envía, es decir, el resultado de la evaluación del PHP y el include. De esa manera, la ruta que te pone:
<img src="
imagenes/smallville.gif" alt="imagen" height="63" width="300">
ya no es correcta, porque la imagen no está ahí, sino aquí:
<img src="
nivel1/imagenes/smallville.gif" alt="imagen" height="63" width="300">
Es decir, si ese archivo va a ser un include y la ruta será relativa, debe ser relativa desde donde se leerá la ruta (el index, en este caso), no desde donde se encuentra él mismo. Lo mismo con la CSS.
Si quieres evitar estas situaciones, usa la ruta absoluta para tu imagen:
http://joakinmax.110mb.com/nivel1/im...smallville.gif
P.D.: edito por el choque con
Jofsen 
: yo creo que se puede hacer perfectamente con el include como está, pero es recomendable que éste no tenga la declaración de la cabecera ni nada de nada.