Para el primer problema, no te has dado cuenta pero has dejado en el comentario condicional para IE6 (lo que él ve), esto:
<!--[if lte IE 6]><a href="#" class="nivel1ie">
2008<table class="falsa"><tr><td><![endif]-->
así que eso es lo que sale en IE6.
Para el segundo es posible que tengas que dar a <div id="principal"> una posición relativa y un z-index menor, aunque no lo he mirado con detenimiento.