Es mejor si asignas el valor de $_GET['CodCotizacionSYS'] a una variable:
Código PHP:
// Si existe $_GET['CodCotizacionSYS'], se asigna a la variable, si no, la variable queda en cero
$CodCotizacionSYS = (isset($_GET['CodCotizacionSYS'])) ? $_GET['CodCotizacionSYS'] : 0;
// ... Tu codigo normal
// y despues..
// Reviso si se desea consultar una cotización.
else if ($CodCotizacionSYS != 0)
{
include_once("SYSCarinfcotizacion.php");
// Limpio la variable.
$CodCotizacionSYS = 0;
}
// El resto de tu codigo, comparando $CodCotizacionSYS