...

... no nos estamos entendiendo
Es que con "IN" sí se puede, y ¡es lo que estás haciendo!. En tu BD que dejas, tienes "un 1, un 2 y un 3" (1, 2, 3) cuando haces IN (1, 2, 1, 3, 1, 2, 3, 1, 1, 2, 3), va a traer TODOS los "1, 2 y 3", que en tu base de datos son "
un 1, un 2, y un 3"

.
No me gusta "hablar así", pero pareciera hay veces se entiende mejor. Como dije, creo tienes un error de concepto

... o no estoy entendiendo cuál es tu problema :-/