Y si pusieses una pregunta después del for, que pregunte si count es == 0?
O sea...
Código:
<script type="text/javascript">
function validar(){
var count = 0;
for (i=0; i<document.frmPaises.paises.length; i++){
if (document.frmPaises.paises[i].checked==true){
count += parseFloat(document.frmPaises.lolori[i].value);
var count2 = (document.frmPaises.total.value - count);
document.frmPaises.polop.value = count2;
}
}
if(count == 0)
document.frmPaises.polop.value = 500;
}
</script>
Saludos