Ya he solucionado lo de escribir sin el input:
Código PHP:
<script>
...
var parent = document.getElementById( 'finally' );
parent.innerHTML="<div>" + count +"</div>";
</script>
<body>
<div id="finally"></div>
</body>
Ahora falta lo de que cuando se deseleccionen todos los checkbox se quede el resultado inicial sin restarle nada. Ej:
Inicial: 500
Checkbox con value 100 hace que inicial baje a 400 pero al deseccionarlo se queda en 400