No he entendido muy bien tu pregunta, ¿No puedes usar ni un solo height?
Bueno, creo que podrías solucionarlo así:
#menu{
float:left;
width: 200px;
padding-bottom:470px;
background:#ff00ff;
}
#descripcion{
width:650px;
padding-bottom:470px;
float:inherit;
background-color: Aqua;
}
y añadir el reset (en el CSS):
#borrar{
clear:both;
}
y en el HTML después del DIV id="pie"> (que por cierto tienes sin definir en el CSS):
<div id="pie">pie</div>
<div id="borrar"></div>
