Pues si no puedes hacer los dominios virtuales en Apache, la ventaja y flexibilidad de Zend es que tu puedes poner donde quieras tus clases y archivos, yo en lo personal al estar haciendo aplicaciones tengo muchas y para evitar repetir cosas hago algo así:
Código:
/(Server Root)
/app1
/app1/index.php (redirect a /public)
/app1/library
/app1/public/
/app1/public/index.php
/app1/public/.htaccess
/app1/controllers
/app1/forms
/app1/views
/app2
/app3
/app4
/library/Zend
/library/Gecko
Repito la ventaja aquí es la flexibilidad de Zend al tu poder definir tus propias rutas, así a la hora de subir el archivo al server, solo edito el bootstrap y todo esta en sus rutas perfectamente.
Saludos.