Cita:
Iniciado por luisvasquez 
Por lo que he podido leer de Ionic's isapi rewrite, iisrewrite, isapi rewrite y otros que he probado, cuando el usuario tipee
http://www.dominio.com/descripcion_de_lo_que_voy_a_mostrar_aca
se ejecutará realmente:
http://www.dominio.com/pagina.asp?qs1=5&qs2=10
Eso es. Cuando se pide al servidor la url amigable, se ejecuta y devuelve al navegador el contenido generado por la página no amigable pero esto es a nivel interno. Desde el lado del cliente es una operación totalmente transparente donde no hay ni rastro de la url original (con parámetros). Para el cliente se ha pedido a todos los efectos una página estática (pagina.com/pagina-amigable)
Cita: Sin embargo, esto hace que el url original igual pueda ser tipeado o indexado por google. Además, debería cambiar los vinculos internos de mi aplicación al formato sin querystring, lo cual no me parece lógico...
¿Por qué no te parece lógico? No pretenderás que el módulo para reescritura de url's te cambie también los enlaces internos de tu web... Sería demasiado pedir. Eso tendrás que hacerlo tú. Ya que cambias la estructura y comportamiento de las url tendrás que cambiar también adónde apuntan los enlaces. Una vez hayas hecho el cambio, los buscadores irán sustituyendo paulatinamente las url's con parámetros por las nuevas amigables. Al no estar enlazadas las antiguas, una de dos: o irán desapareciendo del índice o serán relegadas a un segundo plano por tener más relevancia las nuevas.
Pero si realmente te quieres complicar la vida y te preocupa mucho que Google siga accediendo a las url antiguas, puedes crear una serie de reglas para que se haga una redirección con código 301 (permanente) de las antiguas a las nuevas amigables.
Cita: Otra duda es con respecto al contenido duplicado: ¿podría google penalizarme por contenido duplicado cuando indexe una url "amigable" de una url fea ya indexada?
No. Como mucho tomará una de las dos páginas como principal descartando la otra para la misma búsqueda pero no penalizará tu sitio.