Mi VPS nunca parece ser suficiente

[cincinnati]

Cuando comentaba más arriba que tienes dos procesos que te consumen aprox. el 35% de memoria, me refiero al top que ha enviado y que no es sino una fotografía de ese momento.

Bien, los procesos son:

14011 nobody 15 0 24764 15m 3144 S 17 1.7 0:26.20 httpd
31772 mysql 16 0 325m 175m 4188 S 7 19.5 911:29.98 mysqld

(los dos primeros)

Sólo esos dos procesos te están consumiento un 36,5% de 921600k de memoria (512 MB garantizada y el resto la burstable). Esto es, esos dos procesos se comen ya 328 MB de RAM. Es mucho para tener sólo 512 MB garantizados.

Haz un show processlist desde mysql para ver qué procesos tienes en ese momento.