Hola,
Dundee php es un lenguaje de servidor, que ejecuta un programa por ejemplo el index.php y genera un archivo html que es lo que se envia al navegador del cliente y que es lo que leen tambien los buscadores ( como te decia en el post anterior ) por lo que da igual par ael SEO como lo hagas, lo unico que importa es el html que creas por medio de tus programas.
No te dejes confundir por la extensión de la url que ves en el navegador, aunque en este veas
www.midominio.com/index.php eso queire decir que estas ejecutando en el servidor ese archivo pero en tu navegador se ejecuta el codigo HTML que este genera.
Un saludo