Gracias a los 2 por las respuestas
Lo de los menus a la izquierda ocultos es porque si no se hacia la pagina muy larga y no queria que se sobrecargase pero bueno, eso es cuestion de los themes como dije antes, cada theme puede llevar su propia configuracion
En cuanto a lo de J2EE estas en lo cierto, uso JSP pero creo que en cualquier servidor que no sea Java EE se podria usar, probare en otros aunque deberia funcionar sin problemas
En todo caso podria cambiar la definicion y decir "aplicacion web Java" y ya esta