Espero no te ofendas, pero tienes muchos fallos, el primero pensar que con opendir vas a poder leer un FTP, para eso tienes la extensión de
FTP de PHP. Segundo para poder copiar de esa forma "transparente" de tu ordenador al server forzosamente vas a tener que instalar un servidor FTP en tu maquina y conectarte al servidor FTP de tu servidor.
En concreto el código que publicas tal cual no te va a servir, vas a tener que ver como usar la extensión ftp de PHP para copiar los archivos y luego procesarlos.
Saludos.