Revise la documentación del api J2SE 6
http://java.sun.com/javase/6/docs/api/index.html
polygon in the class, find the method "intersetcs".
Podría incluso también necesitar, hacer usted mismo algunas cosas, todo depende de que necesite hacer.
Algunos libros interesantes de geometría computacional son:
O'Rourke, J. Computational Geometry in C, 2nd ed. Cambridge, England: Cambridge University Press, 1998.
Mount, D. M. "geometric Intersection." Ch. 33 in Handbook of Discrete and Computational Geometry (Ed. J. E. and J. O'Rourke). Boca Raton, FL: CRC Press, pp. 615-630, 1997.
Suri, S. "Polygon Intersection." §23.3 in Handbook of Discrete and Computational Geometry (Ed. J. E. and J. O'Rourke). Boca Raton, FL: CRC Press, pp. 434-435, 1997.
Saludos!!