/?cualquiercosa es exactamente lo mismo que 
/index.php?cualquiercosa 
El .htaccess solamente debería contener esto:  
Código:
 <IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress
  (luego otros plug-ins pueden agregar alguna cosa, pero en principio no se requiere nada más)
Fijate si podés encontrar lo mismo en tu archivo .htaccess.  
Saludos.