Que tal Chipe,
Todos esos componentes ya tienen un lugar específico. Si defines un módulo "admin" tendrás dentro una estructura "MVC", es decir, los directorios: controllers, models y views.
La pregunta será, donde cada cosa? lo que es del módulo, en el módulo, lo que es común podría ir en un módulo llamado "default" y común a todo el sistema, o a través de generar una librería simil a Zend e incluirla y compartirla entre proyectos.
Revisen el manual de Zend, los templates que genera el Zend Studio (evaluación) o proyectos basados en Zend que puedan encontrar de ejemplo en code.google.com.
PD: GatorV, para cuando el foro específico para Zend Framework?