es correcta la logica, solo hay que eliminar la parte donde le dices que haga corte por IVASino..
Y si no se requiere la clausula where, no es necesario ponerle nada...
Código:
SELECT pr.Nombre, Count(CodPedido) as 'Pedidos Total',
CASE pr5.IvaSiNo WHEN 1 THEN SUM(pr5.Importe) END as totalcon,
CASE pr5.IvaSiNo WHEN 0 THEN SUM(pr5.Importe) END as totalsin
FROM gesberna_pedidos pr5 INNER JOIN gesberna_clientes pr ON pr.CodCliente = pr5.CodCliente
GROUP BY pr.Nombre
Saludos!