al momento de formatear borras de forma lógica absolutamente todo el contenido del disco/partición, esto incluye SO, datos, programas y virus
solo ten cuidado que los discos de instalación, drivers, programas y de usar algún backup de datos, estén libre de virus
.
algo practico para descartar tu equipo seria que utilices un live cd de alguna distro Linux
http://es.wikipedia.org/wiki/CD_aut%C3%B3nomo.