Para capturar el contenido de la variable, podrías modificar la función de respuesta que usa la página:
Código PHP:
function MultiPowUpload_onComplete(type, index, serverResponse)
{
addThumbnail(serverResponse);
//acá modificamos:
window.contenido=document.getElementById('thumbnails');
//ahora la variable window.contenido contiene el html de la capa
}
Para guardar los datos en el servidor tendrías que preguntar en el for correspondiente al lenguaje que uses.