Hola,
en mi opinión está bien que tengas el menu en todas las páginas, por varias razones pero sobre todo porque es lo mas práctico para el usuario que podrá acceder a cualquier página desde cualquier sitio. En cuanto a los buscadores, no es malo porque esto le dará mas fuerza a esas subpáginas pero si te preocupa esto puedes añadirle la etiqueta rel="nofollow" en esos enlaces, de esta forma tambien gestionas el linjuice,
http://www.mecagoenlos.com/Posiciona...l-nofollow.php aqui te dejo un enlace donde hacen un experimento sobre esto.
Un saludo