Mandam,
echa un vistazo a este post. Piensa que influyen tanto la codificación de la base de datos y el cotejamiento, como la codificación de los archivos html, php y la interpretación y devolución desde el servidor... Pero no te preopcupes, esto es algo fácil de solucionar.
http://www.forosdelweb.com/f86/cotej...spanol-629105/