Hola de nuevo.
DragonX: Lo de clear:both no funciona, lo he probado por si las moscas pero nada.
Mikmoro: Gracias por la aportacion, en cuanto pueda le echaré un vistazo, ya que acabo de conseguir solucionarlo, despues de tantas horas me ha venido a la cabeza algo simple que ha resultado: ponerle al contenido liquido un "min-height" con la altura que hace el lateral más alto. Supongo que es un truco algo rudimentario porque para empezar, si meto más secciones en la barra lateral, tendré que volver a retocar el min-height del contenido, pero de momento me vale
Gracias a todos.