No chico, estas siendo demasiado paranoico y no has buscado como deberias. En el enlace de google que te pone MinervaH hay muchos resultados que habrian solucionado tu duda.
Cuando alguien entra a tu sitio lee el contenido que tienes en /home/usuario/public_html, lo que hace el opendir es que por ejemplo podrías crear una carpeta tipo /home/usuario/libs e incluir los archivos de esa carpeta, asi como los que tengas en /home/usuario. Esto es por seguridad, ya que el safe_mode y el open_basedir restringen los directorios a los que puedes acceder por medio de php. De otro modo bien podrias llegar a hacer cosas como include('/etc/passwd'); o include('/home/otrousuario/public_html/foro/config.php');
Mas info sobre esto aqui:
http://blog.php-security.org/archive...confusion.html (sacado de la busqueda de google de MinervaH).
Ahora otra cosa, dices que no es normal que dejen de darte soporte o que te contesten asi.. pues a mi modo de ver es muy normal cuando primero tu los trataste de la misma forma.
Ya conteste tu pregunta sobre esa linea y di mi opinion sobre el trato con tu proveedor, otro tema es los demas errores que estas teniendo (que con lo que has dicho no se si sea por error tuyo o de ellos) y la perdida de visitas, en todo caso lo mejor seria cambiar de hosting.
Saludos
Edito:
PD. La directiva que dice que archivos se sirven al entrar a un sitio es el
DocumentRoot de apache, no el open_basedir de php ;)