Como organizo mis clases en archivos ?

[litoxXD]

bueno la verdad es que deberias hacer como hacen los frameworks

directorioprincipal:
-----claseprinpcipal.php
-----subclasedirectorio
--------claseheredadadelaprincipal.php
---------directoriodesubclasedesubclase
----------claseheredadadelasubclase.php

bueno creo que es asi la forma de cargarlas ya es otra cosa por eso los frameworks como zend framework usan una cosa llamada controlador principal que creo que se encarga de eso y muchas cosas mas pero mas o menos asi seria la forma de hacer la clase