Aftermad, encontré un plugin que quizás pueda solucionarte el problema. Debes tener cuidado con el mismo ya que no está actualizado recientemente. Pruébalo en una instalación experimental:
http://wordpress.org/extend/plugins/order-categories/
Según la descripción, el plugin permite ordenar las categorías en la forma que desees. No tengo idea si el código (tags nativos) para listarlas obedezca esa configuración o si el mismo plugin incluya alguna función propia para mostrarlas. Cuestión de probar.
Edito: Aquí hay otro plugin actualizado a la 2.7 y que parece resolver mejor el problema:
http://wordpress.org/extend/plugins/my-category-order/