El problema es que ordena folio como lo que es, una cadena de texto, y las cadenas de texto se ordenan carácter a carácter, de izquierda a derecha; y el 1 de 100 lo sitúa al final si lo ordenamos en orden descendente.
Si quieres ordenar como dices, y los meses están introducidos con el 0 por delante cuando son números de meses inferiores a 10, usa esta consulta para ordenar:
Código sql:
Ver originalSELECT folio
FROM tablex
ORDER BY substring_index( folio, '.', 2 ) , CAST( substring_index( folio, '.', -1 ) AS UNSIGNED )
Pon ASC o DESC, según te interese, pero piensa cómo lo haces, pues podrías ordenar ascendente la primera parte y descendente la segunda...