Transacciones Bancarias con Java

[genuine_carlosV2]

Pues la verdad es que no tengo mucha idea, pero lo que yo haría sería:
1) Instalar el módulo SSL en el servidor e iniciar sesión y navegar con el protocolo HTTPS y un certificado válido o, en su defecto, con un certificado propio con el que te puedan identificar
2) Me basaría en código en el servidor para evitar la mayoria de 'ataques' a tu sistema
3) Del mismo modo, evitaría pasar al cliente (via JavaScript) cualquier tipo de dato confidencial o que pueda suponer un riesgo para otros

Como ya te dije, nunca desarrollé una aplicación así, pero ese sería mi punto de partida.

Suerte con tu aplicación