Lo primero, tienes que tener claro si quieres que los datos pasen via JavaScript o via PHP, es muy importante puesto que la relación JavaScript -> JavaScript se puede hacer en el mismo momento mientras que para JavaScript -> PHP, hay que recargar la página pasando los valors via GET o POST.
Para pasar los datos de JavaScript a la ventana padre via JavaScript, echa un vistazo a este link:
http://www.desarrolloweb.com/manuales/40/#capitulos
Saludos y suerte