Hola oyeca2,
En que parte viste que tienes que configurar el php.ini para el Zend
realmente en cuanto a terminos de flexibilidad, Zend es el más flexible (aun mas que Cake), ya que es reutilizable y puedes usar lo que requieras, no es necesario levantar todo el framework.
Lo de mod_rewrite es si quieres usar MVC, pero al ser tan descentralizado, Zend te ayuda en ese aspecto puedes crear tu propio Router y usar MVC sin usar mod_rewrite.
Saludos.